Francesco Sala si è laureato in Farmacia nel 1961 e in Scienze Biologiche nel 1963, presso l'Istituto di Genetica dell'Università di Pavia. Dal 1964 al 1965 è stato Postdoctoral Fellow presso il Consiglio Nazionale delle Ricerche canadese a Saskatoon, svolgendo attività di ricerca sulla biosintesi del clorafenicolo. Tra il 1966 ed il 1967 è stato Ricercatore Associato presso il Dipartimento di Scienze biologiche dell'Università di Purdue, Lafayette, Indiana, negli Stati Uniti, conducendo ricerche sulla sintesi in vitro della flagellina

Al suo ritorno in Italia ha iniziato a lavorare come ricercatore presso l'Istituto di Genetica e Biochimica del CNR di Pavia; nel 1983, viene nominato professore associato di Biochimica presso il Dipartimento di Genetica e, nel 1986, professore ordinario di Botanica, sempre per la stessa università.

Dal 1995 è professore ordinario di Botanica Generale e Biotecnologia delle Piante presso l'Università di Milano.

Negli ultimi venti anni è stato particolarmente impegnato nello studio delle piante transgeniche (bio sicurezza e produzione di riso e pioppo resistenti agli insetti) ricevendo finanziamenti sia dalla Comunità europea che da enti italiani.

Dal 1994 fino al 2000 ha partecipato al programma "Application in China of Advanced Biotechnologies", sponsorizzato dal World Laboratory Project (sotto la presidenza del Professor Antonino Zichichi). Nel 1994 ha ricevuto il titolo di Professore Onorario dell'Università di Nanchino in Cina. Durante il 1995 invece è stato ospite della Chinese Academy of Forestry a Pechino.

Nel corso della sua carriera ha scritto più di 100 articoli, pubblicati su autorevoli giornali scientifici internazionali. Ha inoltre organizzato numerosi congressi scientifici internazionali sulla biochimica delle piante e sulla biotecnologia.

Al momento collabora con importanti laboratori di ricerca negli Stati Uniti, in Francia ed in Cina, a progetti finalizzati alla produzione di vaccini per le piante.